Początki miasta to prastara osada na wyspie między rzekami Wełną, Nielbą i Strugą Gołaniecką opodal jezior: Durowskiego i Łęgowskiego - zwana Prostynią (Prostorzecze). W 1319 roku kupiło ją opactwo cysterskie z pobliskiego Łekna od właściciela wsi Łęgowo, Sędziwoja Wojciechowicza z rodu Zarębów za 70 grzywien. Wokół osady rozwinęło się w niedługim czasie miasto (prawdopodobnie lokowane około 1381 r.), którego - jak wykazują badania topomastyczne językoznawców - nazwa wywodzi się prawdopodobnie od słów wągródź, wągier lub wągroda. W 1427 r. Władysław Jagiełło nadaje miejskie prawa magdeburskie. W 1396 r. łeknieńscy cystersi przenoszą siedzibę konwentu do Wągrowca i od tego czasu aż do kasacji zakonu w 1797 r. był miastem we władzy zakonu. Epoką największego rozkwitu miasta i dobrobytu mieszkańców były wieki XV - XVI. Powstały wtedy liczne cechy rzemieślnicze: piwowarów, sukienników, kuśnierzy, garncarzy, szewców i inne, których część została wymieniona w pierwszym przywileju dla miasta z 1498 r. wydanym przez opata Jana.

Od połowy XVII w. rozpoczął się upadek miasta, do czego przyczyniły się wojny, liczne pożary i epidemie. W 1746 r. w rynku spalił się ratusz i 30 domów, a w następnym roku spłonęły klasztor i kościół (odbudowane w 1799 r.). W latach 1709- 10 zmarło w mieście ponad 600 osób w wyniku "morowego powietrza". Niechlubną kartą była w owych czasach wiara w gusła i zabobony. W okresie 1693 do 1741 spalono w Wągrowcu na stosie 34 osoby jako rzekome czarownice.

W 1793 r. miasto znalazło się pod zaborem pruskim. Mieszkało tu wówczas zaledwie 612 osób i było 111 drewnianych domów. Wiek XIX przyniósł pewne ożywienie gospodarcze. W 1881 r. zarejestrowano już 4392 mieszkańców. Powstały nowe ulice (Kolejowa i Kościuszki), rozbudowano miasto przy drodze do Bartodziej i nad Jeziorem Durowskim. W 1889 r. Wągrowiec otrzymał połączenie kolejowe z Rogoźnem i Inowrocławiem. W maju 1872 r. nastąpiło uroczyste otwarcie Gimnazjum, które początkowo mieściło się w budynku poklasztornym, a w latach 1875- 79 otrzymało okazalszy gmach, wybudowany w stylu neoromańskim.

W trakcie zaborów wągrowczanie czynnie przeciwstawiali się polityce germanizacyjnej. Wielu z nich brało udział w powstaniach narodowych w 1794 r., 1831 r., 1848 r. i 1863 r.

Spod panowania pruskiego Wągrowiec oswobodzono 30 grudnia 1918 r. w wyniku brawurowego ataku mieszkańców pod dowództwem dr. Stanisława Kulińskiego na stacjonujący w Wągrowcu oddział Grenzschutzu. W czasie Powstania Wielkopolskiego zorganizowano wągrowiecki batalion powstańczy dowodzony przez ppor. Włodzimierza Kowalskiego, który walczył na froncie północnym powstania. W samym mieście od 25 stycznia 1919 r. mieściła się kwatera główna powstańczego dowództwa frontu północnego. W okresie międzywojennym Wągrowiec rozwijał się bardzo powoli. Notowano wysokie bezrobocie. W nocy z 31 sierpnia na 1 września 1939 r. ewakuowano urząd starostwa i urzędników państwowych wraz z rodzinami. Przed południem - 1 września po raz pierwszy niemiecki samolot bombardował miasto. Zaczęła je opuszczać ludność, droga do Gniezna zapełniła się tłumem uchodźców. 2 września około godz. 15.00 miasto przeżyło największy nalot 6 bombowców Luftwaffe. Zniszczono dworzec, szkołę przy ul. Kolejowej, domy przy ul. Rogozińskiej, Bartodziejskiej, Powstańców i Gnieźnieńskiej. Pod gruzami ratusza zginęło 6 pracowników ówczesnego samorządu, wśród nich burmistrz Wągrowca - Szymon Wachowiak. W przededniu opanowania miasta przez wojska hitlerowskie w Wągrowcu były zniszczone mosty, zburzone i spalone domy, pustki na ulicach. 6 września do miasta wkroczyło wojsko niemieckie. Rozpoczęło się ponad 5 lat okupacji i hitlerowskiego terroru. Władze hitlerowskie 20 kwietnia 1941 r. wprowadziły nową nazwę miasta - Eichenbrück oraz nowy herb.

23 stycznia 1945 r. rankiem do miasta wjechało 12 radzieckich czołgów z 220 Samodzielnej Gatczyńskiej Brygady Pancernej, działającej jako grupa szybka w składzie 5 Armii Uderzeniowej I Frontu Białoruskiego. Czołówka, którą prowadził dowódca brygady pułkownik Andriej Nikiticz Paszkow, sforsowała Nielbę i wjechała do Wągrowca. W całym mieście przyjmowano czołgistów z radością. Brygada pułkownika Paszkowa przebywała w Wągrowcu 3 dni, potem wyjechała na front. 27 stycznia w okolicach Herburtowa czołg dowódcy został rozbity pociskiem z pancerfausta, a cała załoga poniosła śmierć. Pułkownika Paszkowa - zgodnie z jego życzeniem pochowano w naszym mieście i jego prochy spoczywają tu do dziś na cmentarzu farnym. Wyzwolenie, a wkrótce zakończenie drugiej wojny światowej zamknęło najstraszniejszy okres w życiu miasta. W czasie ponad 5 letniej niemieckiej okupacji zginęły setki wągrowczan - na polach bitewnych wszystkich frontów, w obozach koncentracyjnych, w gestapowskich katowniach. Po zakończeniu II Wojny Światowej Wągrowiec szybko odbudowywał się. Powstały nowe miejsca pracy, nowe osiedla mieszkaniowe.

Współcześnie w Wągrowcu warto zwiedzić m. in. Muzeum Regionalne, usytuowane w tak zwanej Opatówce czyli siedzibie przełożonego cysterskiego konwentu. Budynek pochodzi z końca XVIII wieku - odrestaurowano go i uruchomiono w nim muzeum w 1987 r. Stała ekspozycja to "Z dziejów miasta", "Ks. Jakub Wujek", oraz etnograficzna - poświęcona Pałukom m.in. "Chata Rybaka". Kolejnym cennym zabytkiem jest klasztor i kościół pocysterski- związany z historią zakonu od 1396 r. Zabudowania wzniesiono w latach 1383 - 1396, dwukrotnie spalone ( w 1749 i 1945 r.)- odbudowane w latach 1946 - 1968 r. Do niedawna w klasztorze mieścił się Dom Zasłużonego Kapłana Archidiecezji Gnieźnieńskiej im. ks. Jakuba Wujka. W czasie prac konserwatorskich w 1975 r. na wieży kościoła odkryto blachę z najstarszym herbem Wągrowca - dwupolowym : w lewej części widnieje topór- herb rodu Pałuków, a w prawej symbole trzech wągrowieckich rzek : Wełny, Nielby i Strugi Gołanieckiej. Innym cennym zabytkiem jest najstarszy wągrowiecki kościół farny pod wezwaniem św. Jakuba- zbudowany w 1575 r., z wyposażeniem z końca XVI w i dzwonnicą z 1847 r. Przed farą stoi popiersie - pomnik księdza Jakuba Wujka ( z piaskowca, dłuta Antoniego Szulca z Poznania odsłonięty w 1973 r.). Budowla fary zaliczana jest do najstarszych i najcenniejszych przykładów architektury sakralnej w kraju.

Najwięcej sławy miastu przysporzył Jakub Wujek - ceniony, pierwszy tłumacz Pisma Świętego na język polski. Urodzony w 1541 r. w Wągrowcu w zamożnej rodzinie mieszczańskiej - jego ojciec Maciej był piwowarem i m.in. ławnikiem. Młody Jakub pobierał nauki w szkole klasztornej Cystersów, później rodzice wysłali go na studia: najpierw do Wrocławia, a potem na Akademię Krakowską. Ponadto uczył się w Wiedniu, gdzie studiował filozofię i języki klasyczne. Wstąpił do zakonu jezuitów wkrótce po jego powstaniu. Król Stefan Batory powołał go następnie na wykładowcę ufundowanej przez siebie Akademii Wileńskiej, a później wysłał do Siedmiogrodu, gdzie był rektorem uniwersytetu w Klausenbergu (dzisiejszym Kolozsvarze). Był twórcą i pierwszym rektorem kolegium jezuickiego w Poznaniu. Zmarł w Krakowie w 1597 r. Obok Reja i Kochanowskiego zasługuje na miano współtwórcy polskiego języka literackiego. Stojący przed wągrowiecką farą pomnik ks. Jakuba Wujka jest jedynym w Polsce monumentem mu poświęconym.

W 1991 roku odkryto przypadkowo w wileńskiej Bibliotece Narodowej tzw. "Rękopis z Kruż" zawierający ponad 20 zapisów nutowych genialnych kompozycji organowych cysterskiego zakonnika Adama z Wągrowca. Odkrycie to wywołało sensację w środowisku muzykologów, którzy badają twórczość muzyczną zapomnianego kompozytora i ustalają najważniejsze fakty z jego życia. Wiadomo, że był organistą w klasztorach w Wągrowcu i w Lądzie, i zmarł w 1629 roku.

Inną ciekawą postacią związaną z Wągrowcem jest Stanisław Przybyszewski ( 1869 - 1927). Urodził się wprawdzie na Kujawach, ale w Wągrowcu przy ul. Janowieckiej mieściła się - zachowana do dzisiaj - rodzinna posiadłość Przybyszewskich tzw. Ameryka, a sam poeta uczęszczał i ukończył wągrowieckie Gimnazjum.

Niewątpliwą wągrowiecką ciekawostką jest grobowiec w kształcie piramidy ( wysokość ponad 6 m ) z kamieni ciosowych - rotmistrza Franciszka Jerzego Łakińskiego. Urodził się w 1767 r. w Szczerbinie pod Łobżenicą, otrzymał staranne wykształcenie, był oficerem wojska pruskiego. W latach 1808 - 1814 walczył w polskich oddziałach napoleońskich, gdzie dosłużył się stopnia rotmistrza, krzyża Virtuti Militari i francuskiej Legii Honorowej. Po latach tułaczki po Europie Zachodniej w 1830 r. powrócił do kraju i osiadł w Wągrowcu. Ze swego majątku wyasygnował fundusze na budowę szpitala, domu sierot, wsparcie biednych i potrzebujących. Mówiono też, iż co roku dla 6 par wstępujących w dniu jego imienin w związek małżeński przydzielał na zagospodarowanie odpowiedni procent ze swego kapitału. Zmarł 04.06.1845 r. i pochowano go we wcześniej wzniesionym grobowcu, a całe wzgórze obsadzono sosenkami. Opodal postawiono kolumnę z podobizną konia na szczycie. Łakiński miał powiedzieć, że kiedy posadzone drzewka osiągną wysokość grobowca - wróci odrodzona Polska. Jego przepowiednia się sprawdziła. Niedaleko piramidy stoi też niezwykły 4 metrowy okratowany obelisk. Legenda głosi, że spoczywają tutaj ciała bohaterów poległych w obronie ojczyzny.